目前，阿里、京东、苏宁等企业争先下探市场，在将工业品销售触角伸向农村市场的同时，也将当地的农产品特产销往全国。但是，高配送成本让现存的4000余家农产品电商仅有1%盈利。日前在北京工商大学召开的中国食品（农产品）安全电子商务高层研讨会上，商务部内贸专家委员会主任、商务部原部长助理黄海指出，发展农村电子商务的企业，在自建物流的同时应与万村千乡等政府多年补贴扶持的公益性农产品流通设施结合，实现“一网多用”，从而有效解决农村物流成本问题。
北京工商大学教授洪涛在会上发布的2014-2015年中国农产品电子商务发展报告中提及，目前我国农产品电商在不断增长，数量接近4000家，但存在趋同投资、重复建设、同质化严重等问题。由于多数农产品价值较低，运输成本较高，有的甚至超过商品成本的一倍以上，这在一定程度上造成国内电商中仅有1%盈利，7%巨亏、88%略亏、4%持平。
黄海表示，电商下乡的双向流通是没有问题的，当下的难点是农茶难进城。目前城市工业品下乡途径很多，农产品进城销售是一个很大的问题。农产品电子商务应以批发和B2B为主，只靠零售不能解决根本问题。
另外，农村电子商务的成败在物流，近年来商务部和财政部对物流建设的补贴力度很大，现在企业发展农产品电商应结合现有的希望工程、“双百”市场工程等，这样既可以充分发挥现有公益性物流设施，还可以降低农产品电商的整体成本。
与会的商务部电子商务司副司长聂林海也表示，农产品流通最大的问题是物流资源分散，运输成本高。国家现在70多万家物流企业，160多万辆车，平均每家企业两辆车。由于信息分享的问题，造成在高速公路上跑的物流车40%以上是空车，这就需要智慧化的物流来解决。
另外，目前农村一家一户的生产模式无法适应电子商务的发展，电子商务会倒逼农民进行集约化生产。
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